library(iNEXT)
library(devtools)
#devtools::install_github("paternogbc/ecodados")
library(ecodados)
dados_rarefacao <- rarefacao_morcegos
resultados_morcegos <- iNEXT(dados_rarefacao, q = 0, datatype = "abundance", endpoint = 800)
# q refere-se a família *Hill-numbers* (Hill 1973) onde 0 = riqueza de espécies, 1 =  diversidade de Shannon, e 2 = diversidade de Simpson.
# Veja mais detalhes sobre os números de Hill no Capítulo 7 onde tratamos de extrapolações.
# datatype refere-se ao tipo de dados que você vai analisar (e.g. abudância, incidência).
# endpoint refere-se ao valor de referência que você determina para a extrapolação.

library(iNEXT)
library(devtools)
#devtools::install_github("paternogbc/ecodados")
library(ecodados)
dados_rarefacao <- rarefacao_morcegos
resultados_morcegos <- iNEXT(dados_rarefacao, q = 0, datatype = "abundance", endpoint = 800)
# q refere-se a família *Hill-numbers* (Hill 1973) onde 0 = riqueza de espécies, 1 =  diversidade de Shannon, e 2 = diversidade de Simpson.
# Veja mais detalhes sobre os números de Hill no Capítulo 7 onde tratamos de extrapolações.
# datatype refere-se ao tipo de dados que você vai analisar (e.g. abudância, incidência).
# endpoint refere-se ao valor de referência que você determina para a extrapolação.

panel-name[Código]

data(BCI)
data("BCI.env")
# Shannon
H <- diversity(BCI)
# Riqueza
richness <- specnumber(BCI)  
# Equitatividade de Pielou
evenness <- H/log(richness)
# Create alpha diversity dataframe including environmental data
alpha <- cbind(shannon = H, richness = richness, pielou = evenness, BCI.env)
alpha$site<-as.factor(seq(1:50))
head(alpha)

##    shannon richness    pielou UTM.EW  UTM.NS elevation   convex    slope
## 1 4.018412       93 0.8865579 625754 1011569  130.2525  -7.8725 6.694828
## 2 3.848471       84 0.8685692 625754 1011669  136.8100 -10.7000 5.086842
## 3 3.814060       90 0.8476046 625754 1011769  143.6775 -14.6675 3.104794
## 4 3.976563       94 0.8752597 625754 1011869  147.0075 -16.7575 1.872813
## 5 3.969940      101 0.8602030 625754 1011969  144.3850 -12.4850 5.118725
## 6 3.776575       85 0.8500724 625854 1011569  136.8750  -9.6850 2.945532
##      aspectEW   aspectNS site
## 1 -0.89108252 -0.4538413    1
## 2 -0.21903766 -0.9757164    2
## 3  0.03051372 -0.9995343    3
## 4 -0.86414183 -0.5032483    4
## 5 -0.67148116  0.7410216    5
## 6 -0.86532324 -0.5012142    6