Ecologia Numérica

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.title[
# Ecologia Numérica
]
.subtitle[
## Aula 3 - Medidas de diversidade biológica
]
.author[
### Felipe Melo
]
.institute[
### Laboratório de Ecologia Aplicada - UFPE
]
.date[
### 2022-12-27
]

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# Diversidade Taxonômica 
.center[
<img src=libs/div.png width = 700>
]

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# Precisamos saber:

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## O que é diversidade?

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## Quais as métricas mais usadas?

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## Quais são os prós e contras?

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class: middle, center

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class: middle, center

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class: middle, center
# Será que amostramos todas as espécies?

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class: middle, center

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class: middle, center

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class: middle, center

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class: middle, center

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background-image: url(https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/7/7e/Palau_archipelago.jpg/800px-Palau_archipelago.jpg?20130206141308)

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class: center
background-size: contain
background-image: url(https://mensura-r.netlify.app/post/rarefacao/index_files/figure-html/unnamed-chunk-1-1.png)

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class: center
background-size: contain
background-image: url(https://media-exp1.licdn.com/dms/image/C5612AQGnHwvEoxwFkg/article-inline_image-shrink_1500_2232/0/1521073928942?e=1650499200&v=beta&t=u0Tsq1KoZSpFgwI90FmdUd27Ei6AASwIU33Oo5aTxRM)

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class: middle, center

# O método mais atual

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#Exemplo de rarefação - Morcegos em 3 localidades
.panelset[.panel[.panel-name[Código]

```r
library(iNEXT)
library(devtools)
#devtools::install_github("paternogbc/ecodados")
library(ecodados)

dados_rarefacao <- rarefacao_morcegos
resultados_morcegos <- iNEXT(dados_rarefacao, q = 0, datatype = "abundance", endpoint = 800)
# q refere-se a família *Hill-numbers* (Hill 1973) onde 0 = riqueza de espécies, 1 =  diversidade de Shannon, e 2 = diversidade de Simpson.
# Veja mais detalhes sobre os números de Hill no Capítulo 7 onde tratamos de extrapolações.
# datatype refere-se ao tipo de dados que você vai analisar (e.g. abudância, incidência).
# endpoint refere-se ao valor de referência que você determina para a extrapolação.
```
]
.panel[.panel-name[Gráfico]

```r
ggiNEXT(resultados_morcegos, type = 1)
```

<img src="slides_diversity_measures_files/figure-html/unnamed-chunk-2-1.png" width="35%" />
]]

---
#Exemplo de rarefação - Morcegos em 3 localidades
.panelset[.panel[.panel-name[Código]

```r
library(iNEXT)
library(devtools)
#devtools::install_github("paternogbc/ecodados")
library(ecodados)

```r
ggiNEXT(resultados_morcegos, type = 1)
```

<img src="slides_diversity_measures_files/figure-html/unnamed-chunk-4-1.png" width="35%" />
]]

---
#Exemplo de rarefação - Répteis em 2 localidades
.panelset[.panel[.panel-name[Código]

```r
rarefacao_repteis <- rarefacao_repteis
resultados_repteis <- iNEXT(rarefacao_repteis, q = 0, datatype = "abundance", endpoint = 200)
```
]
.panel[.panel-name[Gráfico]

```r
ggiNEXT(resultados_repteis, type = 1)
```

<img src="slides_diversity_measures_files/figure-html/unnamed-chunk-6-1.png" width="35%" />
]]

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class: middle, center

# Índices de diversidade baseados em abundância

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class: middle, center

# São uma tentativa de ponderar a riqueza de espécies pela abundância específica das espécies

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class: center
# Quantas espécies existem nessa figura?
<img src=libs/peixe.png>

# Riqueza = 5

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class: center
# Quantas espécies existem nessa figura?
<img src=libs/peixe2.png>

# Riqueza = 5

## A riqueza desconsidera a abundância

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class: center
# Quantas espécies existem nessa figura?
<img src=libs/peixe.png>

# Riqueza = 5

## A riqueza desconsidera a abundância

---
# Riqueza + Abundância
.pull-left[
<img src=libs/peixe3.png>
]

.pull-right[
## Riqueza = 5
## Índice de Shannon = 0,94

## Riqueza = 5
## Índice de Shannon = 1,61
]
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# Exemplos
.panelset[.panel[panel-name[Código]

```r
data(BCI)
data("BCI.env")

# Shannon
H <- diversity(BCI)

# Riqueza
richness <- specnumber(BCI)

# Equitatividade de Pielou
evenness <- H/log(richness)
  
# Create alpha diversity dataframe including environmental data
alpha <- cbind(shannon = H, richness = richness, pielou = evenness, BCI.env)
alpha$site<-as.factor(seq(1:50))
head(alpha)
```

```
##    shannon richness    pielou UTM.EW  UTM.NS elevation   convex    slope
## 1 4.018412       93 0.8865579 625754 1011569  130.2525  -7.8725 6.694828
## 2 3.848471       84 0.8685692 625754 1011669  136.8100 -10.7000 5.086842
## 3 3.814060       90 0.8476046 625754 1011769  143.6775 -14.6675 3.104794
## 4 3.976563       94 0.8752597 625754 1011869  147.0075 -16.7575 1.872813
## 5 3.969940      101 0.8602030 625754 1011969  144.3850 -12.4850 5.118725
## 6 3.776575       85 0.8500724 625854 1011569  136.8750  -9.6850 2.945532
##      aspectEW   aspectNS site
## 1 -0.89108252 -0.4538413    1
## 2 -0.21903766 -0.9757164    2
## 3  0.03051372 -0.9995343    3
## 4 -0.86414183 -0.5032483    4
## 5 -0.67148116  0.7410216    5
## 6 -0.86532324 -0.5012142    6
```
]
.panel[panel-name[Plots]

```
## Carregando pacotes exigidos: viridisLite
```

<img src="slides_diversity_measures_files/figure-html/unnamed-chunk-8-1.png" width="40%" />
]]

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class: middle, center

# Vamos treinar