class: center, middle, inverse, title-slide .title[ # Ecologia Numérica ] .subtitle[ ## Aula 2 - Descrição de comunidades ecológicas ] .author[ ### Felipe Melo ] .institute[ ### Laboratório de Ecologia Aplicada - UFPE ] .date[ ### 2022-12-11 ] --- # Estrutura de dados ecológicos - Bases de dados ecológicos seguem uma lógica relativamente simples - As bases são organizadas quse sempre na forma de matrizes com 'n' colunas e 'p' linhas ``` ## # A tibble: 10 × 5 ## spec siteA siteB siteC siteD ## <chr> <int> <int> <int> <int> ## 1 sp1 0 0 1 0 ## 2 sp2 1 0 0 0 ## 3 sp3 0 1 0 1 ## 4 sp4 0 0 0 1 ## 5 sp5 0 0 1 1 ## 6 sp6 1 0 1 1 ## 7 sp7 0 1 0 0 ## 8 sp8 1 1 0 0 ## 9 sp9 1 0 0 0 ## 10 sp10 1 0 0 0 ``` **Todas as bases ecológicas que iremos usar serão organizadas dessa forma** --- # Peixes de um rio na Suíça - Usamos a mesma lógica para organizar bas bases de dados *de espécies* - Por exemplo, essa é a estrutura dos dados ambientais que usaremos nesse módulo ### Estão no livro **Numerical Ecology with R** ``` ## Cogo Satr Phph Babl Thth Teso Chna Pato Lele Sqce Baba Albi Gogo Eslu Pefl Rham Legi Scer Cyca Titi ## 1 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ## 2 0 5 4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ## 3 0 5 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 ## 4 0 4 5 5 0 0 0 0 0 1 0 0 1 2 2 0 0 0 0 1 ## 5 0 2 3 2 0 0 0 0 5 2 0 0 2 4 4 0 0 2 0 3 ## 6 0 3 4 5 0 0 0 0 1 2 0 0 1 1 1 0 0 0 0 2 ## 7 0 5 4 5 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ## 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ## 9 0 0 1 3 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 ## 10 0 1 4 4 0 0 0 0 2 2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 ## 11 1 3 4 1 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ## 12 2 5 4 4 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ## 13 2 5 5 2 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ## 14 3 5 5 4 4 3 0 0 0 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 ## 15 3 4 4 5 2 4 0 0 3 3 2 0 2 0 0 0 0 0 0 1 ## 16 2 3 3 5 0 5 0 4 5 2 2 1 2 1 1 0 1 0 1 1 ## 17 1 2 4 4 1 2 1 4 3 2 3 4 1 1 2 1 1 0 1 1 ## 18 1 1 3 3 1 1 1 3 2 3 3 3 2 1 3 2 1 0 1 1 ## 19 0 0 3 5 0 1 2 3 2 1 2 2 4 1 1 2 1 1 1 2 ## 20 0 0 1 2 0 0 2 2 2 3 4 3 4 2 2 3 2 2 1 4 ## 21 0 0 1 1 0 0 2 2 2 2 4 2 5 3 3 3 2 2 2 4 ## 22 0 0 0 1 0 0 3 2 3 4 5 1 5 3 4 3 3 2 3 4 ## 23 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ## 24 0 0 0 0 0 0 1 0 0 2 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 ## 25 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 2 1 0 0 0 1 0 0 ## 26 0 0 0 1 0 0 1 0 1 2 2 1 3 2 1 2 2 1 1 3 ## 27 0 0 0 1 0 0 1 1 2 3 4 1 4 4 1 3 3 1 2 5 ## 28 0 0 0 1 0 0 1 1 2 4 3 1 4 3 2 4 4 2 4 4 ## 29 0 1 1 1 1 1 2 2 3 4 5 3 5 5 4 5 5 2 3 3 ## 30 0 0 0 0 0 0 1 2 3 3 3 5 5 4 5 5 3 5 5 5 ## Abbr Icme Gyce Ruru Blbj Alal Anan ## 1 0 0 0 0 0 0 0 ## 2 0 0 0 0 0 0 0 ## 3 0 0 0 0 0 0 0 ## 4 0 0 0 0 0 0 0 ## 5 0 0 0 5 0 0 0 ## 6 0 0 0 1 0 0 0 ## 7 0 0 0 0 0 0 0 ## 8 0 0 0 0 0 0 0 ## 9 0 0 0 4 0 0 0 ## 10 0 0 0 0 0 0 0 ## 11 0 0 0 0 0 0 0 ## 12 0 0 0 0 0 0 0 ## 13 0 0 0 0 0 0 0 ## 14 0 0 0 0 0 0 0 ## 15 0 0 0 0 0 0 0 ## 16 0 0 0 1 0 0 0 ## 17 0 0 0 2 0 2 1 ## 18 0 0 1 2 0 2 1 ## 19 1 0 1 5 1 3 1 ## 20 1 0 2 5 2 5 2 ## 21 3 1 3 5 3 5 2 ## 22 4 2 4 5 4 5 2 ## 23 0 0 0 1 0 2 0 ## 24 0 0 2 2 1 5 0 ## 25 0 0 1 1 0 3 0 ## 26 2 1 4 4 2 5 2 ## 27 3 2 5 5 4 5 3 ## 28 3 3 5 5 5 5 4 ## 29 4 4 5 5 4 5 4 ## 30 5 5 5 5 5 5 5 ``` --- # Matriz ambietal - Usamos a mesma lógica para organizar bas bases de dados *ambientais* - Por exemplo, essa é a estrutura dos dados ambientais que usaremos nesse módulo ### Estão no livro **Numerical Ecology with R** ``` ## dfs ele slo dis pH har pho nit amm oxy bod ## 1 0.3 934 48.0 0.84 7.9 45 0.01 0.20 0.00 12.2 2.7 ## 2 2.2 932 3.0 1.00 8.0 40 0.02 0.20 0.10 10.3 1.9 ## 3 10.2 914 3.7 1.80 8.3 52 0.05 0.22 0.05 10.5 3.5 ## 4 18.5 854 3.2 2.53 8.0 72 0.10 0.21 0.00 11.0 1.3 ## 5 21.5 849 2.3 2.64 8.1 84 0.38 0.52 0.20 8.0 6.2 ## 6 32.4 846 3.2 2.86 7.9 60 0.20 0.15 0.00 10.2 5.3 ``` --- # Matriz espacial - Usamos a mesma lógica para organizar bas bases de dados *espaciais* - Por exemplo, essa é a estrutura dos dados ambientais que usaremos nesse módulo ### Estão no livro **Numerical Ecology with R** ``` ## X Y ## 1 85.678 20.000 ## 2 84.955 20.100 ## 3 92.301 23.796 ## 4 91.280 26.431 ## 5 92.005 29.163 ## 6 95.954 36.315 ``` --- # Vamos olhar mais de perto para a base de dados de **espécies** ```r nrow(spe) # entendendo a base, sabemos que o número de linhas equivale ao de amostras ``` ``` ## [1] 30 ``` ```r ncol(spe) # o número de colunas equivale ao de espécies ``` ``` ## [1] 27 ``` ```r dim(spe) # esse comando já dá tudo ``` ``` ## [1] 30 27 ``` ```r colnames(spe) # aqui até os nomes abravidaos das espécies nós temos ``` ``` ## [1] "Cogo" "Satr" "Phph" "Babl" "Thth" "Teso" "Chna" "Pato" "Lele" "Sqce" "Baba" "Albi" "Gogo" "Eslu" ## [15] "Pefl" "Rham" "Legi" "Scer" "Cyca" "Titi" "Abbr" "Icme" "Gyce" "Ruru" "Blbj" "Alal" "Anan" ``` --- # Essa regra vale para todas as bases .pull-left[ ## Pratique com todas as bases ### - Cheque a estrutura ### - Confira a natureza das variáveis ### - Não avance antes de ter certeza que você conhece seus dados ### - Os dados são amigos, NÃO OS TORTURE ] .pull-right[ <img src="https://media.giphy.com/media/l41lZZv8nuT743mM0/giphy.gif" /> ] --- # Faça alguns gráficos .pull-left[ - Gráficos precisam estar acompanhados de pergumtas - Qual a distribuição de abundância das espécies? <img src="slides_desc_comm_files/figure-html/unnamed-chunk-5-1.png" width="400px" /> ] .pull-right[ - Este é um gráfico muito útil, que auxilia muito na compreensão da diversidade biológica de comunidades ] --- # Faça mais gráficos .pull-left[ - Entenda a amplitude das variáveis ambientais que possui <img src="slides_desc_comm_files/figure-html/unnamed-chunk-6-1.png" width="400px" /> ] .pull-right[ - Note que as variáveis têm "amplitudes" diferentes, e isso é importante ] --- # Entenda também suas variáveis espaciais .pull-left[ <img src="slides_desc_comm_files/figure-html/unnamed-chunk-7-1.png" width="500px" /> ### Essa é uma representação do rio onde as espécies foram coletadas ] .pull-right[ <img src="slides_desc_comm_files/figure-html/unnamed-chunk-8-1.png" width="500px" /> ] --- # Misture as matrizes .pull-left[ <img src="slides_desc_comm_files/figure-html/unnamed-chunk-9-1.png" width="400px" /> ### Espaço + Ambiente ] .pull-right[ <img src="slides_desc_comm_files/figure-html/unnamed-chunk-10-1.png" width="400px" /> ### Espaço + Ambiente + Dados biológicos ] --- # O processo de _namoro_ dos dados nunca termina... .pull-left[ <img src="slides_desc_comm_files/figure-html/unnamed-chunk-11-1.png" width="400px" /> - note os valores de riqueza representados pelo tamanho dos pontos ] -- .pull-right[ <img src="slides_desc_comm_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png" width="400px" /> - Simpson parace menos sensível ] --- # A importância de explorar os dados  [Porque explorar dados?](https://dynamicecology.wordpress.com/2013/10/16/in-praise-of-exploratory-statistics/) --- # Como é a distribuição de abundância dessa comunidade de peixes? ## Código ``` ## Cogo Satr Phph Babl Thth Teso Chna Pato Lele Sqce ## 1 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 ## 2 0 5 4 3 0 0 0 0 0 0 ## 3 0 5 5 5 0 0 0 0 0 0 ## 4 0 4 5 5 0 0 0 0 0 1 ## 5 0 2 3 2 0 0 0 0 5 2 ## 6 0 3 4 5 0 0 0 0 1 2 ## 7 0 5 4 5 0 0 0 0 1 1 ## 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ## 9 0 0 1 3 0 0 0 0 0 5 ## 10 0 1 4 4 0 0 0 0 2 2 ``` --- ## Plot <!-- --> --- ##Plot melhorado ``` ## Warning: Using `size` aesthetic for lines was deprecated in ggplot2 3.4.0. ## ℹ Please use `linewidth` instead. ``` <!-- --> --- # Faça exercícios, sempre utilizando perguntas originais .pull-left[ ### - Use os dados fornecidos pelo livro **Numerical Ecology with R** ### - Mas... Evite apenas seguir os scripts e exemplos ### - Monte seu site usando o _RMarkdown_ ### - Não desista, isso é treino ] .pull-right[ <img src="https://media.giphy.com/media/a9d3bbcM3ImXe/giphy.gif" /> ]